请问一下农村房屋不动产权证归那个部门管

农村房屋不动产权证归房屋所在地登记机关管理。
依据《土地管理法实施条例》，登记机关负责权属审核、征询异议及确认批准，不及时办理可能导致权属不清，产生法律纠纷。
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农村房产证归登记机关管。
具体操作：1. 若房产证遗失，需向登记机关提出书面补办申请；2. 登记机关将审核权属，可能公开征询异议；3. 确认无误后，登记机关将颁发新的房屋权属证书；4. 如遇争议，需依法解决，确保权属清晰。
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处理农村房屋不动产权证问题，常见方式为咨询登记机关或申请补办。
若证件遗失或不明确，应先向当地登记机关咨询或提出书面申请补办，根据具体情况选择合适方式。